殺菌鍋運行一段時間后鍋內特別是水殺菌設備可能會產生水垢（與水質使用頻率有關）或生銹，嚴重影響殺菌效果，導致殺菌不完全，一般建議每三個月要清洗一次，如果水質硬度較高，使用頻率每天超過8小時，則每月應該清洗一次。

　　水垢為鈣鎂離子為堿性物質，一般用酸進行清洗，請注意不要用鹽酸，因氯離子會腐蝕不銹鋼304、316等。以前一般采用硝酸但考慮安全與環保問題，現在鍋爐行業都采用緩蝕性緩沖液除垢劑，為多種混合化學配制，對金屬的腐蝕性較低，每個城市都能買到，價格也不貴，除垢的效果也不錯，唯除垢時間比較長，不及酸性除垢那么快，但對金屬的腐蝕性很低，所以建議用草酸。

　　殺菌鍋的清洗方法：清洗采用受控狀態。如鍋體油污較多，其方法為：先用1~2%的燒堿（氫氧化鈉溶液）75℃~80℃循環15~30分鐘，再用清水循環5分鐘；用1~3%草酸溶液在80℃~85℃循環40~60分鐘，用水循環5分鐘；洗滌液濃度與時間根據污染油污及水垢程度調節；對殺菌鍋上容易結垢的另部件如全水式殺菌鍋的汽水混合器、蒸汽及冷卻水管道過濾芯或過濾網，因其結垢的可能性大，因此清洗后拆下再檢查清理一次或要定期更換；如鍋體油污較少，則直接用酸性洗滌劑。

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